Mientras Naruto buscaba a Sasuke, se encontró con un grupo de ninjas de la aldea que le hablaron de un rumor sobre un juego de realidad virtual que había sido creado por un grupo de científicos locos. El juego, llamado "Naruto Shippuden Ultimate Ninja Impact", prometía ser la experiencia de juego más realista jamás creada, con gráficos impresionantes y una jugabilidad adictiva.
Finalmente, llegaron al último nivel del juego, donde se enfrentaron al creador del juego: un científico loco que había estado utilizando el juego para recolectar datos sobre los ninjas más poderosos de la aldea.
Juntos, Naruto y Sasuke decidieron trabajar en equipo para descubrir quién estaba detrás de la creación del juego y por qué habían sido transportados al mundo virtual. A medida que avanzaban en el juego, se enfrentaron a versiones virtuales de sus enemigos, incluyendo a Akatsuki y sus líderes.